Mostrar el diálogo modal de arranque en la parte superior de la ventana emergente secundaria

Estoy modificando Moodle LMS para incluir algunas alertas de usuario durante sus sesiones de chat si se han identificado algunos problemas. El módulo de chat en Moodle aparece como una ventana emergente que aparece en la parte superior de la página del índice de Moodle.

Como no puedo modificar el código del núcleo de Moodle, puedo incrustar un código de javascript personalizado en la página de índice de Moodle, pero no en la ventana emergente del chat secundario. Este código javascript personalizado muestra el cuadro de diálogo Modal bootstrap con notificación para el usuario, pero el problema es que este cuadro de diálogo modal está cubierto por la ventana emergente secundaria, por lo que el usuario no ve el mensaje.

El escenario ideal sería si el diálogo modal aparece en la parte superior de la ventana emergente secundaria. Sin embargo, si eso no es posible, otra solución podría ser si de alguna manera puedo volver a seleccionar la ventana principal para que el usuario aún pueda ver la notificación en el cuadro de diálogo modal antes de que regrese a la ventana de chat.

Espero que alguien tenga alguna idea de cómo hacer que esto funcione.

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